Історія запорізьких козаків

Фундаментальна книга, що є найбільш грунтовною працею по історії козацтва, три томи (1892, 1895, 1897) - підсумок багаторічної дослідницької роботи вченого. При написанні автор використав чисельні джерела та праці своїх попередників: Г. Міллера, С. Соловйова, М. Маркевича, О. Рігельмана, А. Скальковського, П. Куліша, М. Максимовича, М. Костомарова, В. Антоновича. При написанні автор використав такі фундаментальні видання документів як «Архив Юго-Западной России», «Акты, относящиеся к истории Южной и Западной России», «Памятники, изданные временной комиссией», власні збірники, численні публікації окремих пам’яток і документів. 

Велику увагу присвятив історик наративним джерелам, починаючи від Геродота й закінчуючи своїм сучасником, нащадком запорожців Коржем. Особливою пошаною автора користуються літописи й хроніки — давньоруські, козацькі, польські. Загалом бібліографія першого тому (першого видання) налічує 170 позицій. Іншим, не менш суттєвим джерелом «Історії запорізьких козаків» були неопубліковані документи з російських та українських архівів, бібліотек, приватних зібрань. 

Велику групу джерел, які використав Д. І. Яворницький, становили матеріальні пам’ятки музейних і приватних колекцій, значний археологічний матеріал, здобутий під час численних експедицій. Величезного значення (особливо це помітно в першому томі) надавав автор фольклорно-етнографічним дослідженням регіону Запоріжжя, вивченню його топографії, топонімії, гідрографії, географії, ботаніки, зоології. Десятки разів обійшов він пішки всі землі Запорізьких вольностей, дослідив усі Січі, кілька разів ламав руки й ноги на порогах, ледь не загинув під час розкопок кургану — і все задля того, щоб відчути й збагнути героїчний дух історії, донести її до читача.